In de tweede helft van de jaren tachtig begon de strijd om het voortbestaan. Het enthousiasme was onverminderd groot, maar de financiële realiteit haalde de idealen in.
De kern van het probleem lag in de structurele tekortkomingen die het Popburo van het begin af aan had gekend: een wisselend bestuur, gebrek aan continuïteit en afhankelijkheid van een klein groepje medewerkers. Toen de organisatie financieel in de knel raakte, werd een fatale keuze gemaakt.
De 150.000 gulden subsidie die het Ministerie van WVC had toegekend voor de aanpassing van het Viadukt via Stichting N7, werd deels aangewend om de schulden van het Popburo te saneren.
Twee jaar later, in 1987, ontdekte de Gemeentelijke Accountantsdienst wat er was gebeurd. De gevolgen waren onomkeerbaar. In november 1988 vroeg het Popburo officieel faillissement aan.
In 1988 gaat het Popburo mede door wanbeleid ten onder. De toenmalige beheerders zochten een bestuur bij elkaar en samen werd er een gedegen plan op poten gezet.
Viadukt-geschiedenis
Het faillissement bleef niet beperkt tot de boekhouding. Andere instanties wilden de functie van het Popburo wel overnemen, maar de subsidie die het Popburo had ontvangen, was niet automatisch gegarandeerd voor nieuwe aanvragers. Daardoor werd overname aanzienlijk minder aantrekkelijk en kwam er geen nieuw popburo.
Commerciële boekingsbureaus, al dan niet met idealistische inslag, namen een deel van de functies over. De Stichting Groninger Poppodia ging fungeren als regionale popkoepel — een rol die later overging naar Groverpop (2002–2009) en uiteindelijk POPgroningen.
Op 28 april 1989 publiceerde het Nieuwsblad v/h Noorden het memorabele artikel "Roeren in zure melk: een Groninger popgeschiedenis" — een terugblik die het einde van een era markeerde.